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技術(shù)文章

賽默飛NanoDrop One C紫外分光光度計純度比值異常

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NanoDrop One C 出現(xiàn)純度比值異常時,先別急著做其他操作。通常,問題都源于樣品本身污染、溶劑不匹配,或是儀器基座有殘留物。你可以參考下表快速對照排查:


一、異常比值

1、A260/A280 < 1.8 (DNA)、A260/A280 < 2.0 (RNA)

原因:比值偏低

污染物:蛋白質(zhì)污染、苯酚、EDTA 等殘留、樣本 pH 值偏酸性、儀器光學(xué)路徑污染或基線未校準好。

2、A260/A280 > 2.0 (DNA)、A260/A280 > 2.2 (RNA)

原因:比值偏高

污染物:RNA 污染、樣本 pH 值偏堿性、核酸發(fā)生降解。

3、A260/A230 < 1.8

原因:比值偏低

污染物:胍鹽 (Guanidine) 殘留、碳水化合物等有機物污染、苯酚、乙醇等殘留、樣本濃度過低,比值的參考意義下降。

4、A260/A230 > 2.2-2.4

原因:比值偏高

污染物:空白溶劑選擇不當,與樣品溶解液不匹配、空白校準時基座已受到污染。


二、確認異常并復(fù)測

出現(xiàn)異常后,可以先進行一次快速檢查,確認問題是否依舊。

1、檢查光譜曲線:NanoDrop軟件會展示完整的光譜曲線。純凈的核酸曲線在260nm處有平滑的峰,而蛋白污染會在280nm附近出現(xiàn)小肩峰,苯酚污染則會在270nm處產(chǎn)生吸收峰。

2、執(zhí)行空白復(fù)測:用與樣品一致的空白溶劑進行基線校準后,用該空白溶劑重復(fù)讀數(shù)。若比值仍異常,則可能是基座有污染或儀器本身問題。


三、從儀器與操作出發(fā)排查

儀器本身的臟污和操作細節(jié),是導(dǎo)致純度比值異常的常見原因。

1、清潔檢測基座:這是關(guān)鍵和首要的一步。用柔軟的無絨布蘸取去離子水或70%乙醇輕柔擦拭上下兩個基座表面,并待其干燥。

2、檢查空白溶液:空白溶液必須和樣品的溶劑一致。比如樣品用TE Buffer溶解,空白就應(yīng)使用相同的TE Buffer。TE Buffer在230nm附近有輕微吸收,用純水做空白而樣品用TE,會導(dǎo)致A260/A230比值異常偏低。

3、樣品本身均一性:大分子樣品(如基因組DNA)容易局部聚集,取樣不均會導(dǎo)致結(jié)果波動。測量前務(wù)必充分渦旋震蕩并短暫離心。


四、從樣品污染物角度排查

如果儀器操作都沒問題,那么就要考慮可能是樣品本身不純,被一些常見物質(zhì)污染了。

1、A260/A280 比值偏低:

(1)蛋白污染:常見的原因。蛋白質(zhì)在280nm處有吸收峰,會拉高A280,導(dǎo)致比值偏低。可嘗試用酚-氯仿抽提或蛋白酶K處理后再測。

(2)苯酚殘留:比值的理想范圍是1.8-2.0,苯酚殘留會略微降低A260/A280值。可以再進行一次氯仿抽提去除。

(3)pH值影響:核酸在純水中溶解時,水的弱酸性會降低A260/A280比值約0.2-0.3。建議將核酸溶解在TE緩沖液(pH 8.0)中,能有效穩(wěn)定pH,提供更真實的比值。

2、A260/A280 比值偏高:

(1)RNA污染:較常見。RNA的A260/A280比值約為2.0,若DNA樣品中被RNA污染,比值會向2.0偏移。可用RNase處理樣品。

(2)核酸降解:降解后的核酸會產(chǎn)生更多在260nm有吸收的游離核苷酸和短鏈分子,導(dǎo)致A260虛高,A260/A280比值隨之上升。

3、A260/A230 比值偏低:

(1)胍鹽殘留(常見于使用柱式提取試劑盒):胍鹽在230nm附近有強吸收,會嚴重壓低A260/A230比值。可通過70%乙醇多次洗滌或在75%乙醇中延長沉淀時間來去除。

(2)碳水化合物殘留(常見于植物樣本):多糖類物質(zhì)也會在230nm處有吸收。可嘗試用高鹽溶液(如2M NaCl)沉淀核酸以去除多糖。

(3)樣品濃度過低:當dsDNA濃度低于2 ng/μL時,A260/A230比值可能變得不穩(wěn)定,其參考意義會大大降低。


五、利用儀器內(nèi)置智能功能

如果你的 NanoDrop One C 搭載了 Acclaro 智能檢測技術(shù),它可以幫你更輕松地找到問題所在:

1、Acclaro 污染物鑒定:當純度比值異常時,軟件會通過黃色三角標識預(yù)警,并直接在光譜圖上指出異常區(qū)域。它甚至能分析出是哪種污染物(如蛋白質(zhì)、苯酚、胍鹽等),并提供相應(yīng)的校正后濃度,有效排除干擾。

2、自動基線校準:NanoDrop One C 每次開機都會自動進行基線校準。若懷疑基線有問題,也可以在軟件中手動執(zhí)行“基線校準"。


六、尋求專業(yè)幫助

如果以上所有方法都無效,請聯(lián)系專業(yè)維修。通常 80% 的軟件相關(guān)故障可以通過重啟解決,但如果清潔和復(fù)測后問題依舊,則可能指向內(nèi)部硬件(如光學(xué)路徑污染、光源老化或光電探測器故障)。

TEL:18016231680

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