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技術(shù)文章

thermo賽默飛NanoDrop Ultra FL紫外分光光度計(jì)低濃度樣品測量不準(zhǔn)

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NanoDrop Ultra FL在處理低濃度樣品時(shí)出現(xiàn)偏差,核心原因是紫外吸收法的物理限制導(dǎo)致的信噪比不足。當(dāng)DNA濃度低于2ng/μL時(shí),測得的信號已經(jīng)非常弱,和儀器本身的背景噪音幾乎相當(dāng),任何微小的干擾都會(huì)被放大,導(dǎo)致結(jié)果不可靠。


一、具體數(shù)值可以參考下表:

1、dsDNA

測量模式:吸光度模式

檢測限 (LOD):1 ng/μL

推薦用于精確定量(定量限):> 5 ng/μL

建議行動(dòng):如果濃度 >5 ng/μL,可使用。若在1-5 ng/μL之間,結(jié)果僅供參考,變異度較大。

2、RNA

測量模式:吸光度模式

檢測限 (LOD):約2 ng/μL

推薦用于精確定量(定量限):> 10 ng/μL

建議行動(dòng):同上,建議濃度在檢測上限范圍內(nèi)測量

3、dsDNA

測量模式:熒光模式

檢測限 (LOD):0.1 ng/μL

推薦用于精確定量(定量限):0.1 - 100 ng/μL

建議與行動(dòng):低濃度樣品的選擇。覆蓋了吸光模式力所不及的范圍,推薦使用此模式。

4、RNA

測量模式:熒光模式

檢測限 (LOD):0.2 ng/μL

推薦用于精確定量(定量限):<10 ng/μL

建議與行動(dòng):對超低濃度RNA樣品進(jìn)行高靈敏度檢測


二、除了原理的限制,操作不當(dāng)也是造成結(jié)果不準(zhǔn)的重要原因:

1、樣品問題:測量前充分混勻,特別是粘稠的基因組DNA,輕微的渦旋震蕩并短暫離心(如12,000rpm,2分鐘)即可。檢查樣品有無雜質(zhì)或氣泡,如有,可離心或過濾處理。

2、操作細(xì)節(jié):確保點(diǎn)樣量為1.5-2μL,能夠形成完整的液柱。測量時(shí),請確保樣品覆蓋下基座檢測點(diǎn),并立即放下檢測臂,防止樣品蒸發(fā)。

3、溶劑匹配:空白對照必須和樣品溶解液一致。例如,樣品用TE Buffer溶解,空白也需用相同的TE Buffer。

4、儀器狀態(tài):保持上下基座光潔,并定期使用PV-1試劑盒執(zhí)行性能驗(yàn)證。同時(shí),確保儀器環(huán)境穩(wěn)定,無強(qiáng)光、無振動(dòng)。


三、總結(jié)與核心建議

1、對于要求精準(zhǔn)定量的低濃度樣品(如<2 ng/μL),最佳實(shí)踐是使用NanoDrop Ultra FL的熒光模式,其0.1 ng/μL的靈敏度遠(yuǎn)超吸光度模式。

2、降低背景噪音:使用與樣品一致的空白緩沖液進(jìn)行校正,減少背景干擾。

3、從源頭提升信噪比:如果樣品本身是從低豐度樣本中提取的,建議優(yōu)化提取或純化流程,從源頭上提升樣品濃度。


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